Σύμφωνα με την ΙΒ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασσικών Αρχαιοτήτων Ιωαννίνων οι μέχρι στιγμής γνωστές θέσεις αρχαιολογικού ενδιαφέροντος, αρμοδιότητας της υπηρεσίας, στην περιοχή της ΔΕ Μολοσσών είναι οι εξής:

- Κοινότητα Αετόπετρας: στην περιοχή αναφέρονται αρχαίοι τάφοι.

- Κοινότητα Βερενίκης: στο λόφο "ΚΑΣΤΡΙ" ΒΔ του οικισμού διατηρούνται τα λείψανα αρχαίου οχυρωματικού περιβόλου.

- Κοινότητα Βρυσούλας: στη θέση "ΠΑΝΑΓΙΑ" βορειοδυτικά του οικισμού αναφέρεται πήλινος λουτήρας, ενώ στην ευρύτερη περιοχή αναφέρονται κινητά ευρήματα και θεμέλια κτιρίων.

Η Δημοτική Ενότητα Μολοσσών οφείλει το όνομά του στους αρχαίους Μολοσσούς. Οι Μολοσσοί στους μυθικούς και προϊστορικούς χρόνους στην Ήπειρο, όπως και σε άλλα μέρη της αρχαίας Ελλάδας, ζούσε η προελληνική φυλή των Πελασγών. Μετά τους Πελασγούς εγκαθίστανται στην Ήπειρο και οι πρώτες ελληνικές φυλές. Ο Θεόπομπος, ιστορικός και χρονογράφος του Μ.Αλεξάνδρου, αναφέρει ότι στην Ήπειρο ζούσαν 14 φυλές χωρίς να τις κατονομάζει. Ο Στράβων, ο γεωγράφος, στο βιβλίο του «Γεωγραφικά» γράφει ότι οι Ηπειρωτικές φυλές ήταν 11, μεταξύ αυτών οι Μολοσσοί, οι Αθαμάνες, οι Χάονες, οι Κασσωπαίοι, οι Θεσπρωτοί.

Σύµφωνα µε την 18η Εφορεία Προϊστορικών και Κλασσικών Αρχαιοτήτων lωαννίνων, στην περιοχή της Εκάλης έχουν κηρυχθεί οι ακόλουθες περιοχές, ως περιοχές ιδιαίτερου αρχαιολογικού ενδιαφέροντος (αρχαιολογικοί χώροι και µνηµεία):

Τα πρώτα ιστορικά ίχνη στην υπό µελέτη περιοχή προέρχονται από την Νεολιθική περίοδο, τότε που τα στοιχεία του Νεολιθικού πολιτισµού στην Ήπειρο είναι ελάχιστα, κυρίως λόγω των έντονων κλιµατολογικών µεταβολών και πληθυσµιακών µετακινήσεων εκείνης της περιόδου. Οι νεολιθικοί κάτοικοι της Ηπείρου εκτός από τα σπήλαια αναπτύχθηκαν και κατοίκησαν στις παρυφές λιµνών και πεδιάδων, όπως έγινε και στην περιοχή που σήµερα βρίσκεται η Ασφάκα και το Πετσάλι, έχοντας ως κύριες ασχολίες την γεωργία, την κτηνοτροφία, την αλιεία και το κυνήγι.

Οι Μολοσσοί είναι η μόνη ηπειρωτική φυλή που έχει και συντηρεί γενεαλογικές παραδόσεις από τους ελληνικούς μυθικούς χρόνους, ιδιαίτερα της ομηρικής Ελλάδας. Η φυλή των Μολοσσών, όπως και πολλά άλλα γένη αρχαίων ελληνικών πόλεων, πίστευαν ότι κατάγονται από την γενεά του Αιακού και ήθελαν να αποκαλούνται Αιακίδες. Ο Αιακός, κατά τη μυθολογία, γεννήθηκε από την ένωση του Δία με την Αίγινα, που ήταν μία από τις 20 θυγατέρες του Ασωπού ποταμού.

Στο κέντρο του λεκανοπεδίου Ιωαννίνων, στην εύφορη πεδιάδα μεταξύ των οικισμών Γαρδικίου, Ζωοδόχου και Βουνοπλαγιάς, υψώνεται γυμνός και απότομος κωνικός λόφος, το «Καστρί», όπου κτίστηκε η ακρόπολη και πρωτεύουσα του βασιλείου των Μολοσσών, η Πασσαρώνα. Την Πασσαρώνα ίδρυσε ο βασιλιάς των Μολοσσών Θαρύπας (~420-400 π.Χ.) και την περιστοίχισε με ισχυρά τείχη. Στην Πασσαρώνα είχε την έδρα του ο αρχηγός της φυλής, ο βασιλιάς που διοικούσε με το συμβούλιο των ευγενών. Αυτός ήταν ο αρχηγός στις πολεμικές επιχειρήσεις και εκτελούσε και τα καθήκοντα θρησκευτικού αρχηγού.